تتّكون الهيئة العامة للجمعية الأردنية لتنظيم وحماية الأسرة من 411 عضواً، وهم المخوّلون بانتخاب الهيئة الإدارية للجمعية والتي تتكون من 9 أعضاء. الهيئة الإدارية هي من تقوم برسم استراتيجية وسياسة الجمعية، وتنمية الموارد والدعوة لغايات وأهداف الجمعية، كما وتراقب تطبيق برامج العمل والموازنة وتكوين اللجان الفنية والإدارية، وتساهم بشكل فعال في مختلف نشاطات وفعاليات الجمعية وفي تعزيز العلاقات مع المؤسسات الرسمية والأهلية والمنظمات الدولية وفي تمثيل الجمعية في المحافل والمؤتمرات الدولية والإقليمية والمحلية وفي استقبال الوفود الزائرة للجمعية.

تحرص الجمعية على استقطاب وتفعيل دور أعضاء الهيئة العامة واستثمار خبراتهم وطاقاتهم الإبداعية من خلال تشكيل مجموعة من اللجان المساندة والتي تساهم في تلّمس احتياجات ومطالب المجتمع المحلي. تهدف هذه اللجان إلى وضع الخطط والبرامج المنبثقة من هذه الحاجات والتي تتلائم مع واقع مجتمعنا وعاداته وتقاليده والإمكانيات المتاحة. تتمثل هذه اللجان في اللجان الطبية ولجان المرأة والشباب، وهي تعمل في مجالاتها تحت إشراف الهيئة الإدارية للجمعية التي تعمل على رسم سياسات الجمعية فيما يخص كافة مشاريع وبرامج الجمعية. يقوم الجهاز التنفيذي بتنفيذ والإشراف ومتابعة هذه المشاريع وإعداد التقارير السنوية. هذا وقد بلغ مجموع العاملين في الجمعية حتى العام 2014 حوالي 125 موظفًا.